1、基因筛查的局限性
第三代试管婴儿技术主要通过胚胎植入前遗传学诊断和胚胎植入前遗传学筛查来选择健康的胚胎。尽管这些技术可以检测出某些已知的单基因疾病和染色体异常，但它们并不能检测所有类型的遗传问题。
例如一些复杂的多基因疾病或新发突变可能无法被准确识别。需补充的是PGS只能评估染色体数目是否正常，对于染色体结构异常的检测能力有限。2、误诊与漏诊的风险
尽管PGD/PGS技术在实验室条件下表现出较高的准确性，但在转化为行动时仍存在一定的误诊率和漏诊率。导源于样本采集、实验操作以及数据分析过程中可能出现的误差，部分异常胚胎可能会被误判为正常，反之亦然。这种不确定性增加了患者的心理负担，并可能衍生出不必要的治疗周期延长。
3、胚胎损耗问题
在进行PGD/PGS的过程中，需要对胚胎进行活检取样。这一过程本身会对胚胎造成一定损伤，引发部分优质胚胎因活检后发育不良而被淘汰。尤其是当患者的卵子质量较差时，原本可利用的胚胎数量就有限，经过筛选后更显稀缺，由此推进降低了整体妊娠成功率。治疗复杂性和成本
1、治疗流程繁琐
与传统的试管婴儿相比，第三代试管技术涉及更多的步骤和技术手段。从促排卵、促排卵、受精到胚胎培养及活检，每一个环节都需要严格控制并遵循特定标准。
这不仅增加了治疗时间，也对患者的身体和心理提出了更高要求。频繁往返医院、长时间等待结果等情况都可能给患者带来不便和压力。2、高昂的费用
PGD/PGS技术的应用显著提高了试管婴儿治疗的成本。除了常规的IVF费用外，还需要支付额外的基因检测费用。加之如果初次尝试失败，则需重复整个过程，进一步增加经济负担。对于许多家庭而言，这是一笔不小的开支，且不保证一定能成功怀孕。法律伦理争议
1、选择争议
在在...前提下PGD技术可用于选择，以避免某些与相关的遗传病。
却这种做法引发了广泛的伦理争议。一方面，它可能加剧社会比例失衡；从互补视角，也可能引发对“设计婴儿”的担忧，即父母根据个人偏好制订孩子的特征。由此许多国家和地区对非医学目的的选择持谨慎态度，甚至明令禁止。2、胚胎处置伦理
在PGD/PGS过程中，不可避免地会产生一些不适合移植的异常胚胎。如何妥善处理这些胚胎成为一个棘手的问题。销毁或保存保存异常胚胎的行为涉及到生命伦理、宗教信仰等多个层面的考量，容易引发公众争论和社会矛盾。
1、期望与现实差距
许多患者寄希望于第三代试管婴儿技术能够彻底解决不孕不育问题，实现生育愿望。进而现实中并非每次治疗都能如愿以偿。反复失败的经历会加重患者及其家庭成员的心理压力，致使焦虑、抑郁等负面情绪。长期处于这种状态下，不仅影响患者的生活质量，也可能对其婚姻关系产生负面影响。